A CFA está organizada em dois Departamentos:

Departamento de Planejamento e Monitoramento – tem como principais atribuições: planejar e apoiar as ações e programas de fiscalização; executar ações e programas de monitoramento voltados à proteção de mananciais e da biodiversidade; e estabelecer orientações para o cumprimento da legislação ambiental no Estado. O Departamento é dividido em dois Centros:

  • Centro de Planejamento – realiza o planejamento de programas de fiscalização e o aprimoramento dos procedimentos de fiscalização.
  • Centro de Monitoramento – realiza o monitoramento das alterações de vegetação e incêndios florestais no estado e o georreferenciamento das ações de fiscalização e infrações ambientais.

Departamento de Fiscalização – tem como atribuições executar programas de fiscalização elaborados pelo Centro de Planejamento, definir ações de recuperação de áreas degradadas; fiscalizar o cumprimento de obrigações relacionadas às penalidades; e coordenar o processamento dos Autos de Infração Ambiental (AIA) e a aplicação de sanções administrativas decorrentes de infrações contra o meio ambiente. O Departamento está dividido em um Centro de Gestão de Autos de Infração Ambiental, localizado na sede (São Paulo-SP) e em dez centros regionais dispostos pelo estado:

  • Centro de Gestão de Autos de Infração Ambiental – realiza o processamento dos autos de infração ambiental, analisa recursos administrativos e julgamentos relativos aos processos e faz a cobrança das multas aplicadas.
  • Centros Técnicos Regionais de Fiscalização – realizam o processamento dos autos de infração ambiental e vistorias para confecção de laudos técnicos.